Facture électronique 2026 : ce qui change pour les praticiens libéraux

La réforme repose sur deux dispositifs distincts mais complémentaires. Les confondre est la première source de panique inutile.

La facturation électronique (e-invoicing) concerne les factures échangées entre entreprises assujetties à la TVA établies en France, ce qu’on appelle le B2B domestique. Une facture électronique n’est pas un simple PDF envoyé par mail : c’est un fichier structuré, transmis de plateforme à plateforme, dont les données sont lisibles automatiquement par les logiciels et par l’administration ^[1].

Le e-reporting (transmission des données de transaction) couvre tout ce qui sort du champ B2B domestique : les ventes et prestations à des particuliers ou des non-assujettis (le B2C), et les opérations avec des clients ou fournisseurs établis à l’étranger ^[1]. Là, il n’y a pas de facture électronique à transmettre à votre client, mais des données à communiquer à l’administration.

L’objectif de l’État est double : lutter contre la fraude à la TVA et, à terme, pré-remplir les déclarations de TVA des entreprises. Pour un praticien, l’enjeu concret est plus simple : savoir dans quelle case on tombe, et ne pas se retrouver hors-la-loi sans le savoir.

Après plusieurs reports, le calendrier est désormais stabilisé autour de deux échéances. Il distingue l’obligation de réception (recevoir des factures électroniques) de l’obligation d’émission (en produire) ^[1].

C’est le changement le moins connu, et pourtant le plus structurant. Le projet initial prévoyait un Portail Public de Facturation (PPF) gratuit, géré par l’État, permettant à chacun de déposer et recevoir ses factures sans frais. En octobre 2024, le gouvernement a renoncé à cette offre gratuite ^[2].

Le PPF existe toujours, mais il est recentré sur deux rôles techniques : un annuaire qui sait vers quelle plateforme router chaque facture, et un concentrateur qui transmet les données à l’administration fiscale. Il ne sert plus de guichet de facturation pour les entreprises.

Conséquence directe : pour émettre, transmettre ou recevoir vos factures électroniques, vous devez passer par une plateforme agréée (PA). C’est le nouveau nom officiel des anciennes « Plateformes de Dématérialisation Partenaires (PDP) » ^[3]. Une plateforme agréée est une entreprise privée immatriculée par l’État, qui a passé une procédure d’agrément spécifique ^[1]. La DGFiP en a immatriculé plus de 140 à la mi-2026, et publie la liste à jour sur impots.gouv.fr ^[4].

La réforme impose un socle commun de trois formats structurés, tous conformes à la norme européenne EN 16931 ^[5]. Vous choisissez librement l’un des trois, à condition de transmettre via une plateforme agréée.

Pour un praticien, le format à retenir est Factur-X. Son intérêt : il reste une facture parfaitement lisible à l’écran et à l’impression (le PDF que vous connaissez), tout en embarquant les données structurées exigées par la réforme. Votre patient ou votre client n’y voit que du feu, mais l’administration et les logiciels y trouvent tout ce qu’il leur faut.

C’est la partie la plus subtile de la réforme, et celle qui crée le plus de confusion. Le e-reporting ne se résume pas à un seul flux : il en comporte deux, de natures différentes ^[5].

Le e-reporting de transaction

Il vise les opérations hors B2B domestique : prestations et ventes à des particuliers (B2C), et opérations avec des clients établis à l’étranger ^[1]. Vous transmettez à l’administration, via votre plateforme, les données de ces opérations (montants, TVA) selon une périodicité liée à votre régime de TVA.

Le e-reporting de paiement

C’est le flux des données d’encaissement, et il obéit à une logique précise. Il ne concerne que les opérations dont la TVA est exigible à l’encaissement, c’est-à-dire essentiellement les prestations de services soumises à TVA et les acomptes, sauf si l’entreprise a opté pour le paiement de la TVA sur les débits ou si l’opération relève de l’auto-liquidation ^[5].

Concrètement, la donnée transmise est le montant encaissé, la date d’encaissement et le numéro de la facture payée (ou, sans facture électronique, le montant encaissé par jour ventilé par taux de TVA) ^[5].

Le point décisif pour un praticien : les opérations exonérées de TVA n’engendrent aucune TVA exigible, donc aucune donnée d’encaissement à transmettre. Si vos actes sont exonérés, le e-reporting de paiement ne vous concerne tout simplement pas. Cette logique est confortée par la base légale, qui exclut les opérations exonérées du dispositif ^[6].

Tout dépend du traitement TVA de vos opérations. Trois grands cas couvrent la quasi-totalité des praticiens libéraux. Rappel utile : l’exonération porte sur l’activité de soins (art. 261-4-1° du CGI pour les psychologues), pas sur la profession. Une même personne peut donc relever de plusieurs cas selon les prestations ^[7].

Cas 1, le plus fréquent. Vous ne réalisez que des actes de soins exonérés. Vous n’avez ni facture électronique à émettre, ni e-reporting à produire. Votre seule obligation est de pouvoir recevoir les factures électroniques de vos fournisseurs (loyer professionnel, logiciels, assurance, fournitures) dès septembre 2026 ^[6].

Cas 2. Vous facturez sans TVA au titre de la franchise en base (et non de l’exonération de soins), par exemple pour une activité non thérapeutique. Vous entrez dans le dispositif : émission à partir de 2027 et e-reporting pour vos opérations avec des particuliers ou l’étranger ^[6].

Cas 3. Vous combinez des consultations exonérées et des prestations soumises à TVA (formations, expertises, interventions en entreprise). Les obligations ne s’appliquent qu’à la part taxable, opération par opération : facture électronique si vous facturez une entreprise, e-reporting de transaction et de paiement si vous facturez un particulier. Pour une activité mixte un peu développée, l’appui d’un comptable est un bon réflexe. Notre guide de la comptabilité du psychologue libéral détaille la gestion d’activités mixtes.

La loi de finances pour 2026 (loi n° 2026-103 du 19 février 2026, art. 123) a relevé les montants des sanctions, signe que l’administration entend faire respecter la réforme. Ces montants figurent désormais dans le Code général des impôts ^[8].

Une tolérance est prévue par le texte lui-même : l’amende ne s’applique pas en cas de première infraction commise sur l’année civile en cours et les trois années précédentes, lorsqu’elle est réparée spontanément ou dans les trente jours suivant une première demande de l’administration ^[8]. Ces sanctions ne s’appliquent qu’à partir de l’entrée en vigueur de l’obligation correspondante. Autrement dit, un praticien purement exonéré, qui n’a aucune obligation d’émission ni de e-reporting, n’est pas exposé à ces pénalités.

La bonne nouvelle, c’est que toute cette mécanique n’a pas à reposer sur vos épaules. Le bon réflexe est de choisir un outil de gestion qui prend en charge la chaîne complète, plutôt que d’assembler vous-même un format, une plateforme et un dispositif de déclaration.

Trois maillons à couvrir :

• •Le bon format : des factures générées en Factur-X, conformes dès l’origine, sans manipulation de votre part.
• •La transmission : l’envoi et la réception via une plateforme agréée, le canal désormais obligatoire.
• •Le e-reporting : la transmission des données de transaction et de paiement à l’administration, dans les bons délais, pour les activités concernées.

C’est exactement la promesse d’un outil clé en main comme Deiz : du bon format à la transmission via une plateforme agréée jusqu’au e-reporting, l’ensemble est géré pour vous. Pour comparer les solutions du marché sur ce critère et d’autres (RGPD, visibilité, prix), consultez notre comparatif des logiciels de gestion.

Même si vous êtes purement exonéré et n’avez besoin que de recevoir, anticiper le raccordement à une plateforme agréée vous évitera la course de dernière minute à l’approche de septembre 2026.